تُستخدم مضخات مياه البحر على نطاق واسع في الهندسة البحرية، وتربية الأحياء البحرية، والوقاية من الكوارث البحرية، والحفاظ على مياه المناظر الطبيعية الساحلية، وبناء السفن، وتكييف الهواء المبرد بالمحلول الملحي، وغسل الطرق. على سبيل المثال، في تربية الأحياء المائية البحرية، يمكن لمضخات مياه البحر أن تنشر مياه البحر على الكائنات الحية المستزرعة، مما يعزز نموها وتطورها؛ في مجال الوقاية من الكوارث البحرية، يمكن لمضخات مياه البحر إزالة مياه البحر بسرعة من الكوارث مثل أمواج تسونامي، مما يقلل من الأضرار.
الميزات الرئيسية هي كفاءة عالية في استخدام الموارد. وهي تستخدم مياه البحر باعتبارها "المصدر" ولكنها لا تستهلكها أو تلوثها؛ وتتميز بكفاءتها الحرارية العالية، إذ تستهلك 1 كيلووات من الكهرباء للحصول على 3 إلى 4 كيلووات من الحرارة أو التبريد، على عكس طرق استغلال الطاقة التقليدية. علاوة على ذلك، فإن تكلفة الطاقة لكل وحدة من إنتاج الحرارة أقل من تكلفة غلايات الكهرباء والغاز التقليدية، مما يؤدي إلى انخفاض تكاليف التشغيل.