يشبه مبدأ عمل مضخة مياه البحر مبدأ تشغيل مضخة المياه العادية. تعمل قوة الطرد المركزي الناتجة عن دوران المكره على دفع السائل من المركز إلى حافة المكره، وفي نفس الوقت تولد الضغط لتوصيل السائل إلى الموقع المطلوب. العملية المحددة هي كما يلي:
دوران المكره: يتم تشغيل المكره بواسطة محرك، وتقوم الشفرات الموجودة على المكره بدفع السائل.
توليد قوة الطرد المركزي: يقوم السائل الموجود في مركز المكره بتوليد قوة طرد مركزي نتيجة لدوران المكره، مما يدفعه نحو حافة المكره.
نقل الضغط: تحت الضغط، يمر السائل الموجود على حافة المكره عبر أنبوب التفريغ ويتم توصيله إلى الموقع المطلوب.
شفط السائل: عندما يتم سحب السائل الموجود في مركز المكره بعيدًا، يتم إنشاء حالة فراغ أو ضغط منخفض- عند مدخل المكره. يتم بعد ذلك دفع السائل الموجود في خزان الشفط إلى مدخل المكره تحت الضغط الجوي أو الهيدروليكي، وبالتالي سحب السائل وتفريغه بشكل مستمر.